食品微生物检验方法为食品监测不可少的重要组成部分。
首先，它是衡量食品卫生质量的重要指标之一，也是判定被俭食品能否食用的科学依据之一。
其次，通过食品微生物检验，可以判断食品加工环境及食品卫生情况，能够对食品被细菌污染的程度作出正确的评价，为各项卫生管理工作提供科学依据，提供传染病和人类、动物的食物中毒的防治措施。
再次，食品微生物检验是以贯彻“预防为主”的卫生方针，可以有效池防止或者减少食物中毒和人畜共患病的发生，保障人民的身体健康；同时，它对提高产品质量，避免经济损失，保证出口等方面具有政治上和经济上的重大意义。
食品微生物检验的指标就是根据食品卫生的要求，从微生物学的角度，对不同食品所提出的与食品有关的具体指标要求。我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌三项。
1.菌落总数
菌落总数是指食品检样经过处理，在一定条件下培养后所得1a或1mL校样中所含细菌苗落的总数。它可以反应食品的新鲜度、被细菌污染的程度、生产过程中食品是否变质和食品生产的一般卫生状况等。因此它是判断食品卫生质量的重要依据之一。
2.大肠菌群
包括大肠杆菌和产气杆菌的一些中间类型的细菌。这些细菌是寄居于人及温血动物肠道内的常居菌，它随着大便排出体外。食品中如果大肠菌群数越多，说明食品受粪便污染的程度越大。故以大肠菌群作为粪便污染食品的卫生指标来评价食品的质量，具有广泛的意义。
3.致病菌
致病菌即能够引起人们发病的细菌。对不同的食品和不同的场合，应选择一定的参考菌群进行检验。例如：海产品以副溶血性弧菌作为参考菌群，蛋与蛋制品以沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌等作为参考菌群，米、面类食品以蜡样芽胞杆菌、变形杆菌、霉菌等作为参考菌群，罐头食品以耐热性芽胞菌作为参考菌群等等。
4.霉菌及其毒素
我国还没有制定出霞菌的具体指标，鉴于有很多霉菌能够产生毒素，引起疾病应该对产毒霉菌进行检验。例如：曲霉属的黄曲留、寄生曲留等，青霉属的桔青留青留等，镰刀霉属的串珠镰刀舀、禾谷镰刀霉等等。
5.其他指标
微生物指标还应包括病毒，如肝炎病毒、猪瘟病毒、鸡新城疫病毒、马立克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒，猪水池病毒等；另外，从食品检验的角度考虑，寄生虫也被很多学者列为微生物检验的指标：如旋毛虫、住肉袍子虫、蛔虫、肺吸虫、弓形体、螨、姜片吸虫、中华分枝睾吸虫等等。
